Maria Anna war das vierte Kind des bayrischen Herzogs Wilhelm V. (1548-1626) und seiner Gattin Renée (oder Renata) von Lothringen (1544-1602). Sie war die Schwester des zukünftigen bayrischen Kurfürsten Maximilian I. (1573-1651) und von Magdalene (1587-1628), der Herzogin von Pfalz-Neuburg und Herzogin von Jülich und Berg.
Maria Anna, die fast vier Jahre älter als Ferdinand war, war wie alle Töchter des bayrischen Herzogs Wilhelm V. keine Schönheit. Ihren Cousin Ferdinand kannte sie schon seit 1590, als jener in Ingolstadt zu studieren begonnen hatte und des Öfteren in München als Gast in ihrem Zuhause erschienen war. Im Juni 1596 wurde zwar bereits über eine mögliche Vermählung der beiden gesprochen, aber diese Pläne schienen sich schon kurz darauf zerschlagen zu haben. Widerstand kam vom väterlichen Freund und Beichtvater Ferdinands, Bartholomäus Viller: "Die Ehe sei eine heikle Sache, da müsse man sich wohl vorsehen, daß nicht wegen Mangel an körperlicher Gesundheit [Maria Anna war häufig krank] und Schönheit [sie war wirklich nicht schön] die aufrichtige Liebe mit der Länge der Zeit sich in Abneigung verwandle, wie es oft bei Ehen hochstehender Personen zu geschehen pflege." (in: Johann Franzl, Ferdinand II. - Kaiser im Zwiespalt der Zeit, ebenda. S. 64). Schließlich entschied sich Ferdinand II. doch für seine Cousine Maria Anna. Die Hochzeit fand am 23. April 1600 statt. Getraut wurden sie in der Grazer Hofkirche. "Acht Tage lang wurde getrunken, geschmaust und getanzt. Es gab Komödien bei den Jesuiten, Turniere und Ringelrennen. ... Maria Anna war ganz anders geartet als ihre Tante und nunmehrige Schwiegermutter. Still und bescheiden lebte sie an der Seite ihres Mannes, und in die Politik hat sie sich niemals eingemischt. Über ihre Persönlichkeit weiß man nicht viel. Sie war fromm und soll durchaus einige Anmut besessen haben. Einige Porträts, die von ihr erhalten sind, geben aber eher denen recht, die ihr mangelnde Schönheit zum Vorwurf machen. ... Ihren Gatten liebte sie und schrieb ihm zärtliche Briefe ... Auch Ferdinand hatte seine kränkliche und ein wenig unscheinbare Ehefrau aufrichtig gern gehabt; er nannte sie zärtlich sein 'Ännele' und sorgte sich um ihre angegriffene Gesundheit." (in: Johann Franzl, Ferdinand II. - Kaiser im Zwiespalt der Zeit, ebenda, S. 66-67). "Ännele" schenkte ihrem geliebten Gatten sieben Kinder.
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