1. Eleonore von Toledo (1522-1562), Tochter des spanischen Vizekönigs von Neapel, Don Pedro Alvarez von Toledo († 1553); Heirat am 29. März 1539
2. Camilla (1545/47-1590), Tochter des Edelmannes Antonio Martelli; Heirat am 29. März 1570

uneheliche Kinder:

• seine Tochter Bianca, kurz „Bia“ genannt, geboren um 1536, gestorben am 1. März 1542; ihre Mutter soll eine florentinische Dame gewesen sein
• sein Sohn Giovanni, geboren am 13. Mai 1563, gestorben am 19. Juli 1621; seine Mutter war Eleonora degli Albizzi
• eine Tochter, deren Namen wir nicht kennen, geboren und gestorben im Jahr 1566; ihre Mutter war Eleonora degli Albizzi

eheliche Kinder:

• seine Kinder aus seiner ersten Ehe siehe bei: Eleonore von Toledo
• seine Tochter aus seiner zweiten Ehe: Virginia, geboren am 29. Mai 1568, gestorben am 13. Januar 1615; seit dem 6. Februar 1586 mit dem Herzog Cesare I. d'Este von Modena und Reggio (1562-1628) verheiratet
• sein Sohn Fagoro, der im Jahr 1570 geboren wurde und der vermutlich um 1578/80 starb

• Artikel: The True Faces of the Daughters and Sons of Cosimo I de' Medici
• Artikel von Nikolai Wandruszka: Die Medici im 13. Jahrhundert (PDF)