Durch die strenge Erziehung seiner religiös-intoleranten Mutter Maria von Bayern, die ihm allen Ernstes riet, alle lutherischen Prediger einfach aufzuhängen, und seine gründliche Erziehung durch die Jesuiten war Ferdinand II. letztendlich verantwortlich für die Gräuel des Dreißigjährigen Krieges, der so vielen Menschen das Leben kostete und der am Ende ganze Landstriche Wüstenlandschaften gleichen ließ. "Ein Fürst, so lehrte Viller [sein Beichtvater, der Jesuit Bartholomäus Viller] den aufmerksamen Jüngling [Ferdinand II.], sei verantwortlich für das Wohl seiner Untertanen, für das leibliche wie für das seelische - und für dieses vor allem. Nun seien die Zeiten aber leider so beschaffen, daß viele Untertanen sich von den heilbringenden Lehren der römischen Kirche abgewandt und der Ketzerei sich schuldig gemacht hätten. Höchstes Ziel eines jeden rechtschaffenen Fürsten müsse daher sein, diese Ketzereien zu unterdrücken und das Seelenheil seiner Untertanen zu retten. Tue er dies nicht, dann bringe er ungeachtet seiner eigenen Frömmigkeit auch sein eigenes Seelenheil in Gefahr ... Immer müsse er das Gott Wohlgefällige im Auge behalten, ja sogar bereit sein, lieber Land und Leute zu verlieren und an den Bettelstab zu geraten, als der Sache Gottes in irgendeiner Weise Abbruch zu tun. Was aber das Gott Wohlgefällige wäre, darüber habe er mit seinen Räten und besonders mit seinen Beichtvätern und Theologen sich ins Einvernehmen zu setzen. Denn höchst verwerflich sei es, wenn ein Fürst, ohne vorher den Rat weiser und frommer Männer eingeholt zu haben, Entscheidungen treffe, die der heiligen katholischen Religion von Nachteil sein könnten. Diese Lehren, oft und eindringlich vorgetragen, machten Eindruck auf den unerfahrenden jungen Mann. Seine Räte würden ihm also sagen, was im Politischen das Vorteilhafteste sei, seine Beichtväter und Theologen dann darüber befinden, ob das, was die Räte vorschlugen, auch der Sache Gottes und der Religion förderlich sei. Danach würde er handeln, dann könnte er niemals sein Seelenheil gefährden. ... In Loreto, so wird berichtet, soll Ferdinand auch das Gelübde getan haben, alle seine Untertanen, wenn notwendig mit Gewalt, wieder in den Schoß der römischen Kirche zurückzuführen." (in: Johann Franzl, Ferdinand II. - Kaiser im Zwiespalt der Zeit, ebenda, S. 32-33/46). Und damit hatte die katholische Kirche dank besonders der Jesuiten und der Kapuziner in Kaiser Ferdinand II., dem Oberhaupt des Heiligen Römischen Reiches deutscher Nation, ein sehr williges Werkzeug für ihre eigenen Zwecke gefunden!
"Was das Evangelium von der Liebe zum Nächsten zu künden hatte, achteten die Fürsten und Herren zumeist gering, obwohl viele von ihnen die Bibel gleich mehrmals durchgelesen hatten. Ihre Frömmigkeit war äußerlich, sie erschöpfte sich gewöhnlich in endlosen Gebeten und Gottesdiensten, Stiftung von Kirchen und Bethäusern, Bedrückung der Andersgläubigen. Im Grunde waren die meisten von ihnen kaltherzig, egoistisch, allein auf ihren Vorteil bedacht, Das war üblich damals unter den Fürsten, und Ferdinand war einer von ihnen." (in: Johann Franzl, Ferdinand II. - Kaiser im Zwiespalt der Zeit, ebenda. S. 58).
"Daheim in der Steiermark hatte der harte Winter [im Jahr 1607/08] dem Wildbestand arg zugesetzt, so daß er sich darüber Bericht erstatten ließ: 'Das Verzeichnis des umgefallenen Wildprets habe ich empfangen. Es ist ziemlich viel, aber um die Wahrheit zu bekennen, habe ich mich eines viel größeren Schadens besorgt. Ich wollte wünschen, daß so viele Prädikanten und rebellische Rädelsführer dafür verreckt wären.'" (in: Johann Franzl: Ferdinand II. - Kaiser im Zwiespalt der Zeit, ebenda, S. 100).