7. Oktober 1587 (NICHT 1589!, siehe: die Briefe ihrer Mutter Maria von Bayern, in: Friedrich von Hurter: Maria, Erzherzogin zu Oesterreich, Herzogin von Bayern, Schaffhausen 1860 und Susanne Helene Betz: Die innerösterreichische Erzherzogin Maria Magdalena (1587-1631) und ihre Heirat mit Cosimo II. de Medici im Jahre 1608, Wien 2008)

1. November 1631

Erzherzog Karl II. von Innerösterreich (1540-1590)

Maria von Bayern (1551-1608)

Cosimo II. de' Medici (1590-1621), Großherzog von der Toskana; Heirat am 19. Oktober 1608

1. ihre Tochter Maria Christina, geboren am 24. August 1609, gestorben am 2. August 1632 (laut den Angaben auf ihrem Grab in der San Lorenzo in Florenz starb sie am 6. August 1632); von Geburt an geistesschwach
2. ihr Sohn Ferdinand II., geboren am 14. Juli 1610, gestorben am 24. März 1670
3. ihr Sohn Gian Carlo, geboren am 4. Juli 1611, gestorben am 22. Januar 1663, Kardinal seit 1644
4. ihre Tochter Margherita, geboren am 31. Mai 1612, gestorben am 6. Februar 1679; seit dem 11. November 1628 ist sie mit Odoardo I. Farnese (1612-1646), dem Herzog von Parma und Piacenza, verheiratet, dem sie folgende acht Kinder schenkte: Caterina (geboren und gestorben im Jahr 1629), Ranuccio II. (1630-1694), Maria Maddalena (1633-1693), Alessandro (1635-1689), Orazio (1636-1656), Caterina (1637-1684), Pietro (1639-1677) und Ottavio Francesco (geboren und gestorben im Jahr 1641); ihre berühmte Urenkelin war Elisabetta Farnese (1692-1766), die Königin von Spanien
5. ihr Sohn Matthias, geboren am 9. Mai 1613, gestorben am 11. Oktober 1667
6. ihr Sohn Francesco, geboren am 16. Oktober 1614, gestorben am 25. Juni 1634
7. ihre Tochter Anna, geboren am 21. Juli 1616, gestorben am 12. September 1676
8. ihr Sohn Leopoldo, geboren am 6. November 1617, gestorben am 16. November 1675; Kardinal seit 1667