Maria und ihr Bruder Philipp II., die altersmäßig nur ein Jahr auseinander waren, verbrachten die frühe Kindheit zusammen. Sie sahen sich mit ihren blonden Haaren zudem sehr ähnlich. Als Maria als Witwe gegen Ende des Jahres 1581 mit ihrer Tochter Margarete nach Spanien zurückgekehrt war und Philipp II. sich zu dieser Zeit in Portugal befand, fragte er seine beiden Töchter bezüglich seiner Schwester aus, denn jene sahen sie zuerst: "'I am very envious of you ... when you get this letter you will already have seen my sister'. The girls must write at once to tell him 'if she is fat or thin, and if she still look somewhat alike as we used to do." (in: Geoffrey Parker: Imprudent King – A new life of Philip II., id., p. 170). Maria und Philipp II. liebten als Kinder und Erwachsene alle sportlichen Betätigungen wie die Jagd und das Tanzen und die Musik sehr, und beide hatten das sehr große Problem, andere Sprachen zu erlernen. Im Prinzip beherrschten sie nur das Spanische und das Portugiesische, denn in der letzteren Sprache wuchsen sie im Haushalt ihrer Mutter Isabella von Portugal auf. Im Gegensatz zu ihrem Bruder liebte Maria aber auch das Theater sehr. Im Prinzip war sie jedoch keine Intellektuelle. Sie interessierte sich nicht für die Geisteswissenschaften und für Bücher, sondern nur für körperliche Ertüchtigungen, die Religion, die Stickerei und für wertvolle Schmuckstücke und schöne, teure Gewänder. Und sie hatte eine dominante, autoritäre Persönlichkeit: "The infanta [Maria] had managed to reduce the duration of the daily lessons [in Latein] from an hour and a half to one hour. Cuadra [ihr Lehrer Juan López de la Cuadra] requested from Charles V to order his daughter to take those classes more seriously. The teacher was content if she could at least understand some Latin, since writing and speaking it seemed unattainable, and improve her poor handwriting, a weakness which would become apparent in her adult life. By the following year [im Jahr 1544] Cuadra had given up all hope: Maria attended class for half an hour a day only in obedience to her father and without the slightest consciousness of the need to study. Juana [Marias jüngere Schwester], however, had already started to make the most out of her grammar lessons at the age of nine showing considerable skill." (in: Rubén González Cuerva: Maria of Austria, Holy Roman Empress (1528-1603), id., p. 27)
Im Jahr 1569 versuchte Philipp II. seine Schwester Maria, die er seit 1551 nicht mehr gesehen hatte, zu überreden, zusammen mit ihrer Tochter Anna, die seine vierte [oder fünfte Gattin: siehe Isabel de Osorio] werden sollte, nach Spanien zu kommen: "... he tried to persuade Maria to come too, and 'to spend time with me and our sister' Juana 'because we are siblings who are so fond of each other' and 'I would so much like to see [you]'. Even though on this occasion Maria disappointed her brother, she regularly promoted the interests of Spain in Germany and occasionally even spied on her husband. On one occasion she confided to a Spanish diplomat that while 'reading some letters on the emperor's [ihres Gatten, des Kaisers Maximilian II.] desk', she noticed matters that her brother should know about, and so she leaked them." (in: Geoffrey Parker: Imprudent King – A new life of Philip II., id., p. 158.) Aber man sollte nicht vergessen, dass sie nur die spanische Sprache und ein wenig das Lateinische beherrschte. Sie weigerte sich nämlich, auch als Gattin des Kaisers die deutsche Sprache zu erlernen. Außerdem hielt sie stets zu ihrem Gatten, den sie sehr liebte. Vor die Wahl gestellt, Gatte oder Bruder, entschied sie sich stets für den Gatten. Es ist daher zu vermuten, dass dieses obige "Geheimnis" mit Erlaubnis von Maximilian II. weitergegeben werden durfte. "Nevertheless, Maximilian had the final decision. As he said to a courtier, 'if I wanted to do everything my wife ... wants, I would have a lot to do." (in: Rubén González Cuerva: Maria of Austria, Holy Roman Empress (1528-1603), id., p. 98).
"... Maria never managed to express herself in German or even follow simple conversations. Even in the 1570s, Maximilian II would explain to her the content of the German sermons to which they listened, and she was unable to understand her husband's feverish ravings in his mother tongue. As the couple often shared their suppers and leisure time in the same chamber, Maximilian II's servants would switch to German when they wanted to communicate messages in Maria's presence which she was not supposed to know." (in: Rubén González Cuerva: Maria of Austria, Holy Roman Empress (1528-1603), id., p. 70).
Diese Geheimniskrämerei liebte Philipp II. über alles: "I [Philipp II.] am writing two letters to my sister [Maria]: one about matters that she should share with the emperor - and you should forward this to her when you open this package - and the other about matters that are for her alone, without the emperor or anyone else knowing about them. I am sending this one under separate cover in an envelope addressed to you by [Secretary of State Gabriel] Zayas, as if it came from him. You must keep this entirely secret and when you see my sister you must tell her, without anyone else knowing, that you have another letter for her, and she will tell you how and when to give to her." (in: Geoffrey Parker: Imprudent King – A new life of Philip II., id., p. 158).